5.1. вносит в Министерство сельского хозяйства Российской Федерации предложения по проектам федеральных законов, нормативных правовых актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации и другим документам, по которым требуется решение Правительства Российской Федерации, по  вопросам, относящимся к установленной сфере деятельности Агентства, а также проект плана работы и прогнозные показатели деятельности Агентства;

5.2. осуществляет в порядке и пределах, которые определены федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в установленной сфере деятельности Агентства, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятиям, подведомственным Агентству;

5.3. утратил силу;

5.3.1. утратил силу;

5.3.2. утратил силу;

5.3.3. утратил силу;

5.3.4. утратил силу;

5.3.5. утратил силу;

5.3.6. утратил силу;

5.3.7. утратил силу;

5.3.8. утратил силу;

5.3.9. утратил силу;

5.3.10. утратил силу;

5.3.11. утратил силу;

5.3.12. утратил силу;

5.3.13. утратил силу;

5.3.14. утратил силу;

5.3.15. утратил силу;

5.3.16. утратил силу;

5.3.17. утратил силу;

5.3.18. утратил силу;

5.3.19. утратил силу;

5.3.20. утратил силу;

5.3.21. утратил силу;

5.4. организует:

5.4.1. комплексное изучение водных биологических ресурсов в целях сохранения водных биологических ресурсов и среды их обитания;

5.4.2. мероприятия по восстановлению водных биологических ресурсов и среды их обитания, нарушенных в результате стихийных бедствий и по иным причинам, за исключением водных биологических ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения и занесенных в Красную книгу Российской Федерации;

5.4.3. проведение конкурсов на право заключения договора о пользовании рыбопромысловым участком;

5.4.4. профессиональное обучение и повышение квалификации специалистов для рыбного хозяйства в соответствии с международными и российскими требованиями;

5.4.5. искусственное воспроизводство и акклиматизацию водных биологических ресурсов;

5.4.6. проведение рыбохозяйственной мелиорации;

5.5. осуществляет:

5.5.1. утратил силу;

5.5.2. разработку и представление на государственную экологическую экспертизу предложений об общих допустимых уловах водных биологических ресурсов;

5.5.3. государственный мониторинг водных биологических ресурсов, включая наблюдение за распределением, численностью, качеством, воспроизводством водных биологических ресурсов, за средой их обитания, за рыболовством и сохранением водных биологических ресурсов, а также обеспечение функционирования отраслевой системы мониторинга;

5.5.4. определение ежегодно общих допустимых уловов водных биологических ресурсов во внутренних водах Российской Федерации, в том числе во внутренних морских водах Российской Федерации, а также в территориальном море Российской Федерации, на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне Российской Федерации, Азовском и Каспийском морях (далее - общие допустимые уловы водных биологических ресурсов);

5.5.5. распределение общих допустимых уловов водных биологических ресурсов, а также квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов, предоставленных Российской Федерации в соответствии с международными договорами Российской Федерации, применительно к видам квот;

5.5.6. распределение между пользователями водными биологическими ресурсами научных квот, квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов для осуществления рыболовства в целях аквакультуры (рыбоводства), квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов для осуществления рыболовства в учебных и культурно-просветительских целях;

5.5.7. распределение в установленном порядке между юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями промышленных квот, прибрежных квот добычи (вылова) анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб, а также квот добычи (вылова) водных биологических ресурсов для Российской Федерации в районах действия международных договоров Российской Федерации в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов;

5.5.8. оформление, выдачу, регистрацию разрешений на добычу (вылов) водных биологических ресурсов и внесение изменений в такие разрешения, а также приостановление действия разрешений на добычу (вылов) водных биологических ресурсов или аннулирование таких разрешений до истечения установленного срока их действия;

5.5.9. заключение с пользователями водными биологическими ресурсами договоров о закреплении за ними долей в общем объеме квот;

5.5.10. согласование перечня рыбопромысловых участков, включающих в себя акватории внутренних вод Российской Федерации, в том числе внутренних морских вод Российской Федерации, и территориального моря Российской Федерации, утверждаемого органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации;

5.5.11. заключение договоров пользования рыбопромысловым участком;

5.5.12. заключение договоров на выполнение работ по искусственному воспроизводству водных биологических ресурсов;

5.5.13. утратил силу;

5.5.14. согласование размещения хозяйственных и иных объектов, а также внедрение новых технологических процессов, оказывающих влияние на состояние водных биологических ресурсов и среду их обитания;

5.5.15. определение категорий водных объектов рыбохозяйственного значения и особенностей добычи (вылова) водных биологических ресурсов, обитающих в них и отнесенных к объектам рыболовства;

5.5.16. обеспечение выполнения международных договоров Российской Федерации в области рыболовства, рыбного хозяйства и торгового мореплавания (в части, касающейся промысла водных биологических ресурсов), в том числе подготовка предложений, касающихся позиции Российской Федерации по вопросам добычи (вылова) водных биологических ресурсов для иностранных государств, а также выполнения обязательств, вытекающих из членства Российской Федерации в международных организациях;

5.5.17. утратил силу;

5.5.18. выдачу заключений по вопросам привлечения и использования иностранных работников в составе экипажей судов рыбопромыслового флота, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации;